Este es el repositorio del curso de bioinformatica impartido por Discoveromics
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1.1 Limpieza de los datos y metadatos
1.2 Planeación de proyectos de Secuenciación de Siguiente Generación (NGS)
1.3 Examinando datos en la base de datos SRA de NCBI
2.1 Indtroducción al Shell
2.2 Navegación de Archivos y Directorios
2.3 Trabajando con Archivos y Directorios
2.4 Redireccionamiento de archivos
2.5 Escritura de scripts
2.6 Organización del proyecto
3.12 Documentos
3.13 Hojas de cálculo
3.14 Formularios
3.15 Sitios web de google
3.21 GIT desde la terminal
3.22 Manejo de versiones
3.23 Repositorios de gitHub
3.24 Documentación
5.1 Evaluación de la calidad de las lecturas
5.2 Rasurado (trimming) y filtrado de datos
5.3 Flujo de trabajo para llamado de variantes (Variant calling)
5.4 Automatización del llamado de variantes
6.1 ¿Por qué cómputo en la nube?
6.2 Conectándose a la nube
6.3 Afinando tu configuración de la nube
6.4 Flujo de datos locales y remotos
6.5 ¿Qué nube es para mis datos?
1.1 Linux/Unix, Principios básicos del Shell
1.2 Comandos para el manejo de archivos y directorios
1.3 Loops
1.4 Manejo de Scripts
1.5 Encontrar información: grep y find
2.1 Usando a R como una calculadora .
2.2 Sintaxis en R y uno de RStudio
2.3 Programando loops y condicionantes
2.4 Diseñando gráfica en R
3.1 ¿Qué hacer al recibir datos de secuenciación?
3.2 Conociendo el formato fastq
3.3 Filtrado de lecturas por calidad.
4.1 Preprocesamiento de datos y filtrado de lecturas por calidad.
4.2 Ensamble transcriptómico.
4.3 Caracterización del ensamble y control de calidad.
4.4 Análisis exploratorio de datos.
4.5 Determinación de frecuencias y análisis de expresión diferencial.
5.1 Introducción a la transcriptomica
5.2 Mapeo de datos de RNA-seq
5.3 Conteo de las lecturas mapeadas
5.4 Expresión diferencial
5.5 Anotación de categorias funcionales
5.6 Análisis de enriquecimiento
6.1 Instroducción de las redes de co-expresión genética
6.2 Construcción de matrices de coexpresión
6.3 Manuejo de WGCNA
6.4 Visualización de redes en Citoescape
6.5 Análisis de resultados